the_titleのフィルターフックですが、仰るとおり本文のタイトル以外のところまで変換されています。
現状は、本文が表示された際にフックを削除しているので、本文以降のthe_titleを利用しているウィジェット等には影響ないのですが、本文前にあるものがこの様になっています。

今のところこの現象を避けるには、サイドバーを本文の後（footerのすぐ上）に配置するようなデザインを使用するか、the_titleを使ったウィジェットを使用しないかのどちらかになります。

タイトルを変更する場合全く別の方法は無いかなど、このthe_titleの件は引き続き対策を考えて行きたいと思います。