私の本文、コメントに記した環境においては、「お勧め商品」「商品ジャンル」「新着商品」は、「商品」の配下のカテゴリーではなく、商品と同じ階層のカテゴリーに登録されていたようです。

対処方法、ありがとうございました。対処方法のとおりに変更したところ、無事に表示され、正常に動いているようです。

お忙しいところお時間をさいていただき、ありがとうございました。

商品関連とは、商品とその配下のカテゴリーです。
「お勧め商品」「商品ジャンル」「新着商品」は初期で商品の配下になっているはずですが、もしなっていなかったとすればインストール時の不具合になるので修正いたします。

とりあえずは申し訳ありませんが、手作業で上の3つのカテゴリの親カテゴリーを「商品」に変更して対応をお願いします。

本文に参考画像（図1）を追記させていただきました。

商品カテゴリー配下へのカテゴリー作成は、nanbuさんに返信いただいた方法でしていたようで問題がなかったようです。

返信いただいたものについて、質問をさせてください。

「商品関連のもの」といいますのは、Welcartインストール時に自動生成されるカテゴリーすべてを指すのでしょうか（お勧め商品、商品、商品ジャンル、新着商品）。それとも、カテゴリー「商品」とその配下の子カテゴリーのみを指すのでしょうか。

現在、私の環境では、カテゴリーはこのような状態になっています。
●は親（大）カテゴリーを、○は子カテゴリーを示します。

●お勧め商品
●商品
●商品ジャンル
　　○サブカテゴリーA
　　○サブカテゴリーB
●新着商品

「Welcart Shop 新規商品追加」の新規追加のページのカテゴリー（本文に表示の図1）には、「商品」のカテゴリーのみ掲載されていますので、「商品ジャンル」の子カテゴリーにチェックを入れたい場合は、これら自動生成されたカテゴリーは以下のように「商品」の配下に並び替えなければならないのでしょうか。

●商品
　　○お勧め商品
　　○商品ジャンル
　　　　○サブカテゴリーA
　　　　○サブカテゴリーB
　　○新着商品

お忙しいところ恐縮ですが、お教えいただけたら幸いです。
なお、WordPress2.8.6 jaを利用しています。
よろしくお願いいたします。

サポートサイトの情報が古くてすみません。
現在のバージョンでは、「すべてのカテゴリー」などのリンクは外してあり、商品関連のものだけが表示されるようになっています。

「商品カテゴリー」の配下にカテゴリーを作成するには、「商品カテゴリー」を親カテゴリーとして新規カテゴリーを作成するだけでOKです。