こんばんは。
早速お返事いただきありがとうございます。

大変失礼いたしました。確かにWPの仕様ですね、、、
気をつけって設計していきます。

引き続きどうぞよろしくお願いします。

item/ を省略しても同じ結果が出るのはWordpress の仕様となっております。

SEOに複製ページが良くないのは確かにその通りです。ただロボットが複製ページが有ると判断するのはそのリンクが存在する場合です。つまり一つのページを表示するのに２つのリンクを設置した場合で、現在そのようなことにはなっていないはずです。ロボットは存在する（ソースにある）リンクしか辿りません。したがってSEOに悪影響は与えないというのが僕の見解です。

Welcart はWordpress の仕様に則りwp_list_categories を使用していますのでWordpress とは別のリンクを生成することはありません。

ご自分でリンクを挿入する場合はお気を付け下さい。