こんにちは。

パーマリンクに関しては僕も認識が曖昧でしたので少し調べてみました。
管理パネル/パーマリンク設定にはパーマリンクのメリットとして次の3つを挙げています。

　・URL の美しさ
　・URL の使い勝手
　・将来システムが変わっても使い続けられる前方互換性が向上

僕はデフォルトでも十分簡素化されていてこれでも良いと思うのですが、このうち3番目について、システムが変わるとどういう不具合があるのか良くわかりません。例えばindex.phpを省略してはいけない環境になる可能性があると言うことなのでしょうか。

デフォルトでは無い方が良いようなので、それではどれを選ぶかと言うことですが・・・
解説に「パフォーマンスの観点から、パーマリンク構造がカテゴリ名、タグ名、著者名、投稿タイトルフィールドから始まるのは好ましくないです。」とあります。これは僕も初めて知りました。とすると”日付と投稿名”若しくは”月と投稿名”となりますが、投稿名は長くてお世辞にも美しいURLとは言えません。
しかもWelcartの場合商品登録した年月が判るので、なんとなく古い商品にとらえられるのような気がして個人的にはいまいちです。

ではいっその事、カスタム構造で　/%post_id%/　としてしまってはどうでしょう。実にシンプルです。でもこれは「URLの使い勝手」に背くことになりますので、やっぱり番号だけじゃ判りにくいということであれば、/%category%/%post_id%/　としてしまっていいと思います。
　
少し前までは、?***=***　が付くURLや拡張子の無いURL（index省略は除く）はクローラーにインデックスされにくいという話がありましたが今ではどうでしょう。最近ではあまり影響がないように思えるのですが心配であれば / を付けるか .html などを後ろに付けておくと良いかもしれません。あくまで自然なURLになる様に。

気を付けなくてはいけない事があります。それは「途中でパーマリンクを変更しない！」と言うことです。せっかくインデックスされたページが NOT FOUND になってしまいます。SEOとしても最悪のパターンです。URLは最初にじっくり考えて後は変更しないに限ります。

カテゴリーベースやタグベースはあまりメリットを感じません。サイトを立ち上げて年月が経っているのであれば気軽にタグベースを入れて見ようかなどとは考えない方が良いです。

最後に一つ、カテゴリー（タグ）スラッグと言うものがあります。カテゴリにマルチバイト文字を使用した場合（ほとんどそうですよね）、スラッグにはそれをURLエンコードしたものがデフォルトとして入ります。そしてURLにはこのスラッグが使用されます。このURLが長ったらしくて美しくないのです。
できればカテゴリーは、作成する際にスラッグを英記にした方がキレイなURLを作るのには効果的です。タグも同じことが言えます。

しかしここでも注意が必要です！　スラッグは新規で作成するときに変更すべきで、長年使っているもののスラッグは変更しない方が無難です。
URLは電話番号やメールアドレスみたいなものですから、やたら変更すると周りが困るし結局自分が損をすることになります。