配送方法の違う商品がカートに有る場合適用される配送方法は、配送名のIDが最も若い配送方法が選ばれます。ですので、配送方法の登録は送料の高いもの（送料固定で送料を選択）から登録しておくのが一般的な使い方になると思います。または、送料とは関係がなく優先させたい配送方法を先に登録します。

この質問に対する回答は具体的にはどのようになっていますでしょうか？（トピックは全体を読んでみましたが、回答的なものは見つけられませんでした）

以下の例では、カートの配送・支払方法のページでは顧客の住所が入力済みのため、配送方法に対して配送料が特定できている前提で例を出しています。

商品マスタで

商品Ａ：　配送方法Ｘ（顧客住所への送料：600円）、配送方法Ｙ（顧客住所への送料：600円）
商品Ｂ：　配送方法Ｚ（顧客住所への送料：500円）
（※送料は配送料設定では地域別の料金が設定してあります。上記の送料はある顧客Ａが注文することを前提とした場合です）

と設定してあり、そして、カートに

商品Ａ：１個
商品Ｂ：１個

と入っている状態での清算の場合、

「配送・支払方法」のページで顧客が選択できる配送方法はどのように表示されますか？
（実際に動かしてみたら配送方法Ｚだけしか表示されませんでした）

高い方（宅急便　小包）が自動的に選ばれるということで理解しました。これであっていますでしょうか？

その通りです。ただ一つ説明が抜けていましたので追加させてください。

複数の商品の中で共通の配送方法があった場合はそれが優先されます。
例えば、A商品は書留郵便とメール便が利用でき、B商品はメール便が利用できるものであれば、配送方法はメール便と表示されます。

これを利用してこの様に設定すると良いかもしれません。
例えば、A商品は書留郵便が理想でメール便は利用できません。配送方法として宅急便と書留郵便が利用できるように設定します。判断はお客様に任せます。
B商品はメール便が理想だとします。配送方法として宅急便と書留郵便とメール便が利用できるよう設定します。単品の場合はお客様はこの3つの中から自分で配送方法を選ぶことになります。
AとB両方がカートに入った場合は、共通の宅急便と書留郵便が選択可能となります。

個別課金については、複数の配送方法があったとしても、規定のもので計算されるということですね？

はい、その商品のみ別にカウントされると言うことです。

nanbuさんへ
ご返答ありがとうございます。送料の決定の仕組みが理解できました。ありがとうございます。時間指定はどうなっているのか判断できていなかったので、バグがあったということで納得しました。

こちらのショップは
１つの商品に対しての送料が複数でます。（料金を安く抑えたいという人のために複数の配送方法を選択できるものがあります。宅急便小包でも送ることができるが、封筒（普通郵便）でも送ることができるという感じです）

１つの配送方法に対応する送料は1つです（地域で料金を変えずに全国一律料金という意味です）。

おっしゃるとおりショッピングカートには様々な商品があるので、複雑になってしまいます。
どの商品を組み合わせた場合、結果的に封筒（普通郵便）で発送できるか、それとも宅急便（小包）になってしまうかというところが、問題になっていました。

商品のパンフレットなどは封筒（普通郵便）を使って無料で送りたいが、他の商品を一緒に注文した場合、しかもその商品が封筒（普通郵便）でも送れるし、宅急便小包でも送れると配送方法を設定していた場合、通常安い配送方法（封筒）をお客さんは選ぶと思うのですが、nanbu様の説明だと、高い方（宅急便　小包）が自動的に選ばれるということで理解しました。これであっていますでしょうか？

送る側（ショップ）はどっちでもいいのですが、受け取る人のことを考えた場合、注文過程の中で元々設定されている封筒（普通郵便）と宅急便小包のどちらを使うかを選べる方が利用者にとっては自然なような気もします。（その商品単体であれば配送方法を選べるとすれば、他の商品を一緒に注文した場合でも、条件に合えば選べるということが自然な気がします。）
複数の商品を注文した際に、自動的に高い方になってしまうと、利用者が悩むケースもでるのではないかと思います。

安い送料を選択したい場合は、複数回に分けて単品で注文を繰り返すように利用者に告知するなどで運用で何とかなる部分かもしれません。

あくまで、私のショップの場合なんですが、なんとなく支払方法と同じような扱いの方が、いいような気がしています。
支払方法の場合は代引き・クレジット・銀行振込など、システムに設定したものをすべて選択でき（商品マスターとは連動していないためだと思いますが）、その支払方法の説明文もあるので、その人の利用にあったものを注文プロセスの中で選択できるようになっているかと思います。配送方法も条件に合うものが表示され選択できるか、最初からすべての方法が表示されるなどが、理想と思います。
これは私のショップの場合のあれなので、教えていただいたルールを参考に運用面で対処したいと思います。

個別課金については、複数の配送方法があったとしても、規定のもので計算されるということですね？
そうですね、特殊な料金の場合のものと考えると、仕様的にもその方が都合がいいですね。

丁寧な説明ありがとうございました。

現在の配送設定の仕組みとルールをご説明いたします。
　
配送形態を次の２つに分けて考えます。
　

• A）「配送方法と送料が１対１の対になっている場合」
• B）「１つの配送方法に対して複数の送料を選択できる場合」

　
　
A）の場合は単純ですが、B）は同じ宅急便であっても商品の大きさなどで送料が異なってくることを考慮しています。
　
　
さて、A）の場合の設定方法ですが、配送方法と送料をそれぞれ追加できましたら、配送方法の送料固定から該当する送料を選んで更新します。こうすることで配送方法と送料が紐付けられ、商品マスターで別の送料を選んでもそれは無視されることになります。（この状態で別の送料を選べる事が混乱の原因の一つになっているので改善が必要と思っております）

B）の場合は配送方法に対して送料を固定しません。この場合は商品マスターで同じ配送方法であっても商品の大きさごとに送料を変える事ができます。
　
次にカート内で配送方法や送料が決定されるルールについてですが、
カートに複数の商品が入ったいる場合、基本的に一番高い送料が適用されます。A）の場合は配送方法と送料が対になっているので配送方法も自ずと決定されますが、B）の場合は送料は一番高いものを適用し、配送方法は該当するもののうちIDの若いものを適用します。
　
　
これらとは別に、商品マスターの「個別課金」を指定しますと、その商品のみ個別に送料を課金します。
その際のルールは、
まず、個別課金の商品をカートから除いて通常のルールで送料を割り出します（通常の送料）。
次に個別課金の商品の送料をその商品の注文数でかけた金額を計算します（個別課金合計）。
そして通常送料と個別課金合計を足して送料とします。
これは、1個口で送料が掛かる大型商品などを考慮しています。
　
　

この様な仕様になっておりますが、hiroshiさんのショップを想定しますと、
A)「配送方法と送料が１対１の対になっている場合」に該当するのではないでしょうか。
この場合商品マスターでは、お客様にどの配送方法を選んでいただくかを考えるだけでOKです。送料は配送方法ごとに固定したものが適用されますので商品マスターでは選択する必要がありません。（インターフェイスを改善します）
　
　
最後に指定時間帯の表示ですが、これはバグが見つかりました。配送方法に対する指定時間帯が表示されるよう修正したいと思います。
　
　
配送に関してはとてもややこしいことになっていますが、いろんな状況に対応したいという配慮からこのようになっております。何卒ご理解をお願いします。
改めて配送方法と送料の設定の仕方について、できるだけわかりやすく記事を書こうと思います。

配送料の件、調査しますので少し時間をください。

英訳の件、有難うございます。全く自信が無いものですからすごく助かります。
早速修正したいと思います。他にもおかしいところが見えましたら是非教えてください。