商品のCSV一括登録をするとオプション値が勝手に入ってしまう

CSVをテキストエディターで確認してみてください。行の最後に「,,,,,,,」といったカンマだけの部分がないでしょうか。これがあると値無しのオプションが追加されてしまいます。
エクセルで必要の無いセル(列)を削除してからCSVで保存し、上のような状態になっていないことを確かめてください。