ご報告です。
その後、決済代行会社(SP.LINKS)へ確認したところ、エラーコード「k16」によるロックは、デフォルト設定で24時間後に自動解除される仕様との回答をいただきました。
実際に24時間経過後、再度テスト購入を行ったところ、クレジットカード決済は正常に完了し、問題なく購入処理できることを確認いたしました。
このことから、今回発生していた「k16」エラーについては、カード情報入力時の試行によるロックが原因であり、functions.phpで追加した送料・クーポン関連のカスタマイズが直接の原因ではなかったと判断しております。