kuroneko.phpにパスが通ってないのでは？
決済モジュールに関してはwelcartのシステム設定でURLではなく
フルパスで設定すればどこにでもおけますよ。
たぶんこれに入ってる。
$usces->options['settlement_path']
welcartがアップデートされても上書きされないところにおいておくといいかもしれません。
wordpressのプラグインのアップデートは一度今あるのを全削除して、
一からインストールなのでプラグイン内でカスタマイズしてると一緒に削除されるんでしたかね。
素人なんで見当違いならごめんなさい。
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