こんにちは。
特に何の設定も必要ありません。
/sub/内にwordpress をインストールしますと、通常は/sub/wordpress/index.php となりますが、index.php はwordpress の外に出したということでよろしいでしょうか。
改めてパーマリンクを設定を更新すると、/sub/直下にhtaccessができているはずです。/sub/wordpress/ 内にあるindex.php とhtaccess は念のため削除しておきましょう。
WordPress が正常に動作していれば、URLは正しく生成されるはずです。