こんにちは。
Item List Layout の場合はフックを利用してフィルターをかけなければいけません。
フックは、item_list_layout_filter_list となります。wcex_item_list_layout.php の191行目辺りに有ります。
フックについてご存じない場合は、こちらの説明を参考にしてください。
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B0%E3%82%A4%E3%83%B3_API
よろしくお願いいたします。