ご質問は1投稿に1つずつでお願いいたします。
送料無料設定はそのままに、クール便のとき固定額を加算するには、カスタマイズが必要になります。
また、”変動型の手数料を新たに基本設定に追加したい”とのことですが、こちらもカスタマイズにより可能ではあります。ですが、上記のカスタマイズにしましても、こちらの内容も、いずれも”ファイルを変更して”行うことはお勧めしておりません。カスタマイズはフィルターフックを駆使し、テーマ配下の functions.php を編集して行うようにしていただきたいと思います。
よろしくお願いいたします。