こんにちは。
> Welcartのバージョンはどのように調べたら良いでしょうか？
管理画面[Welcart Shop]＞[ホーム]もしくは[商品マスタ]の見出し下にバージョンを記載しております。
「Welcartデフォルトテーマ」に戻した場合、商品詳細ページの金額表示はどうなりますか？
問題なく各SKUの金額が表示された場合は、自作テーマの「wc_item_single.php」になんらかの原因があるかと思います。
憶測ですが、複数SKUの情報をループして取得している部分で必要なタグが抜けているのではないかと思います。
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