こんにちは。
サイト全体をSSL化する場合は、一般設定のURLをhttpsに指定してください。その際Welcartのシステム設定のSSLの利用はチェックを外して「利用しない」設定にします。特にHTTPSなどのプラグインを使う必要はございません。
ただ、記事の中に書かれた画像のリンクは変わりませんので、途中でSSLする場合は、データベースを書き換えるなどの作業が必要となります。
ご自分での暗号化は、確かに暗号化されますが、ブラウザは正規のものと判断してくれませんので、結局警告が出るのではないでしょうか。