yskysmr 様
jQueryをheader部分で読み込んだ状態で,paypalのボタンに関しては特に問題ありませんでした。footerに移動したらどうなるかは、後ほど試します。
追伸
1.4.16,1.4.17共に、wc_item_signle.phpが表示する画像の縦横比が縦に長く変形してしまった。
1.4.17で最終確認ページの商品部分のテーブルが以前は中央だったのに左に寄る。(1.4.16では未確認)という不具合が生じています。
当方固有の問題かもしれませんので、再度確認し、必要があれば別にスレッドを立てます。