tatsuquito 様
1)御社にご依頼して希望通り直してもらう、(この場合、Welcartのアップデート等は問題なくできるでしょうか?) 2)特定のテンプレートやフックを使ってユーザーが機能を書き直す、のどちらでしょうか?
1)につきまして、正確には弊社で「直す」わけではございません。あくまでカスタマイズですので、お使いのテーマ配下の functions.php からカスタマイズソースファイルをインクルードする形でご提供いたします。当然、Welcart のアップデートには影響いたしません。
2)につきまして、もちろんご自身でカスタマイズしていただいて構いません。