こんにちは。
それらのファイルはプログラム本体ですので改変してはいけません。アップグレードの際上書きされてしまいます。
コンバージョンタグやアフィリエイトタグを設置するテンプレートは、ご利用のテーマ内のwc_templates/cart/wc_completion_page.php となります。
Welcart Default テーマをお使いでしたら、
/wp-content/themes/welcart_default/wc_templates/cart/wc_completion_page.php というパスになります。このファイルにのみ設置していただければOKです。
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