こんにちは。
「Notice: WP_Query の使用はバージョン 3.1 から非推奨になりました ! ・・・」というNoticeをご覧になったことが有りますでしょうか。これに翻弄されてしまいました。Welcartはこのメッセージに従って、new WP_Queryをわざわざquery_postsに変更しました。ご指摘の不具合は、その時にwp_reset_query()を入れ忘れたものと思われます。
しかしやはり、WP_Queryが非推奨になったわけではないようです。仰る通りWP_Queryの方が良いかと思いますので、また元に戻そうかと思います。ご指摘ありがとうございます。
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