Re: 商品コードについて
こんにちは。
Welcart の受注一覧は受注ごとの一覧なので、現状では商品ごとの一覧は出力できません。取引先別受注明細一覧を出力する機能拡張が必要になります。
次期バージョンの0.5 からカスタムフィールドが使えるようになりますので、任意のデータ（取引先コードや発注コード）を商品に登録することは可能です。これは商品単位でのことであって、SKUごとにコードが2つ以上必要な場合は対応できません。
商品コードが違うのであればオプションは使えません。SKUを利用するのが妥当です。しかし現状ではSKU ごとにカート投入ボタンが表示されます。仰るとおりSKUが非常に多くなる場合はユーザビリティーが悪くなります。
以前にSKUをセレクトフォームで選択してカート投入ボタンを一つにしたいと言う要望がありましたがそんな感じでしょうか。そうであれば商品詳細ページのカスタマイズ（少々規模は大きくなりますが）で可能かと思います。