症状をまとめますと、
最初に登録したものだけが商品マスター一覧に表示されない。(以降登録するものは表示される。)
登録された商品のSKUが商品編集画面では確認できるのに商品マスター一覧には表示されない。(全ての商品)
と言うことでよろしいでしょうか。
申し訳ありませんがこのような症状は今まで確認した事が有りませんし、問合せもありませんでした。もし今回がテスト導入と言うことであれば一度WordPress をインストールし直してみてはどうでしょうか。
もしどうしても解決できない場合は導入のお手伝いも可能ですのでレスキューの方でお問合せください。