こんにちは。
登録順やSKUコード順で並べ替えられるのは、商品オプションとSKUです。
トップページのお勧め商品ブロックの並びはテンプレートで行ないます。
home.php の、new wp_query の引数を設定することで並び替えが可能です。wp_query の引数の詳細についてはWordPress Codex をご覧ください。
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%86%E3%83%B3%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%88%E3%82%BF%E3%82%B0/query_posts
