3Dセキュアは、ソフトバンク・ペイメントとの契約によって、設定してください。クレジット設定画面にある項目はいずれも、決済会社との契約形態を設定するためのものです。
SSL は、サイトを暗号化する仕組みで、サイト全体でもカート関連ページだけでも設定できます。SSL を取得すると、証明書がサイトの身分証のようなものになります。ネットショップでは SSL を持っていたほうが、サイトの信用性が向上します。
サーバ会社の共有 SSL を使用できるサーバもありますが、ソフトバンク・ペイメントは、共有 SSL では動作が不安定な場合があるかもしれません。