はっきりした理由は分かりませんが、何か異常な状態になっているような気がします。前にデータベースの事に触れられていましたが、もしかしたらデータが壊れているのかもしれません。
もし、データベースから作り直されるのでしたら、Welcart1.0-beta2 が公開されていますのでそちらをお使いください。正式版への移行は、旧バージョンからの移行よりもはるかに楽です。
更に、ロリポップのサーバーはいろいろと癖が有り、苦労されていらっしゃる方が多いようです。長期契約されていないのでしたら、サーバーから考え直してみても良いかもしれません。