違ってたらすみませんが、Xserverの独自SSLとのことで、私の環境と同じだったのでちょっと思ったのですが、wwwの表示部分はどちらの契約で行いましたでしょうか?
wwwありのみの契約と有り無しどちらでも良い契約の2つあったと思います。
たとえ後者であっても、www無しでは警告が出る場合がありました。
後者の場合はDNSレコードの編集が必要となるようです。
私の場合、違うサイトで両方ともの契約を行いましたが、後者の時に不具合が起きたため、DNSレコードの編集・設定を行いましたが、何らかの理由で結局wwwのみ見えるように変更しました。
もしwww無しで試みていた場合は一度お試しください。
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