こんにちは。
動作に関するご質問の場合は、ご利用の環境を教えてください。
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WordPress のバージョン:
Welcart のバージョン:
ご利用のテーマ:
症状を確認したブラウザ:
サーバー(会社名、サービス名):
SSLの利用:
WordPress のパーマリンク設定:
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「ある程度開発を進めた段階での設定変更」とのことですが、Welcart 本体の改変をされたのでしょうか。
Welcart 以外のプラグインを停止して、動作を確認してみてください。