nktnmtk様
こんにちは。
お問い合わせの件につきまして、下記の方法にて実装可能かと思いますので追記させていただきます。
商品の区分を「物販」「継続課金」にすると送料の設定ができます。
ご認識の通り、初回受注後に送料を「0」に変更し受注データを更新しますと
継続課金リストの決済金額が受注データの金額（送料を省いた金額）に更新されます。
送料の算出には配送先住所が必要なので、ダウンロード販売設定の
「会員情報チェックの強化」は「強化する」にする必要があります。
以上です。ご参考にしていただけたらと思います。
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