ありがとうございます。
session.save_pathの指定は、
/virtual/xxx/public_html/xxx.com/
の.htaccessで
php_value session.save_path /virtual/xxx/public_html/xxx.com/session
このように設定しました。
また、sessionフォルダはパーミッション707にしました。
サイトのトップディレクトリでsession.save_pathを指定してるのに、セッションが切れるのでおかしい感じですが。