何度もすみませんが「既存のサブディレクトリをルートディレクトリとして表示する」にかんしましては全て解決致しました。
まず、大きな間違いとして、一度wordpressのURLを変更してしまっていました。そこですべてがおかしくなったようです。
WP-DBManagerで作業前のデータベースに復元し、wordpressを再インストールしたところ、カートが使えるようになりました。（データベースの復元は必要なかったかもしれません。）
そして、サイトアドレスのみ変更し「既存のサブディレクトリをルートディレクトリとして表示する」を行ったところ無事に行うことができました。
301リダイレクトに関しましてはいかがでしょうか？
また今回の様な失敗をおかしたくないので、ご教授願います。
