【Welcart Nova テーマ】トップページ以外のメインナビゲーションの追従をなくすことはできますか?

可能です。
トップページ以外のメインナビゲーションの追従をなくすには、テーマ内「css」フォルダの「parts.css」を以下のように修正する必要があります。

※ハイライトになっている部分を削除してください。

parts.css 359行目
.site-header.fixed {
position: fixed;
background: none;
background-color: #2b2b2b;
}