商品を2点購入すると送料が2倍になってしまう。

要因として次のことが挙げられます。

商品登録の送料設定が「送料個別課金」になっている。

「送料個別課金」に設定しますと、その商品は数量分の送料が加算されます。
詳しくは下記のページをご参照ください。

【送料加算の仕組み】

送料加算の仕組み

【Welcartオンラインマニュアル:商品基本情報】
https://www.welcart.com/documents/manual-2/%E6%96%B0%E8%A6%8F%E5%95%86%E5%93%81%E8%BF%BD%E5%8A%A0/%E5%95%86%E5%93%81%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%83%85%E5%A0%B1