“商品”カテゴリのスラッグ（item）を“shop”などに変えて運用は可能でしょうか？

カテゴリーの名前は変更可能ですが、
スラッグ名は変更不可です。スラッグ名を変更してしまった場合、商品情報編集のカテゴリー欄にカテゴリーが表示されなくなるなどの症状が発生します。
もしスラッグ名を変更してしまった場合、下記の手順で復旧が可能です。

1. “商品”の子カテゴリーをすべて「親なし」に設定
2. “商品”カテゴリーを削除
3.  Welcartを一旦無効化し再有効化
   ※この操作によって“商品”カテゴリーが初期状態で再生成されます。
4.  ①で親なしに設定した子カテゴリーを新しく生成された“商品”カテゴリーの子に設定しなおす

マニュアルを参照する