「発送業務休日」は商品を送り出す(発送する)ことができない日の設定です。

「発送業務休日」は商品を送り出す(発送する)ことができない日を設定するものです。
そのため、発送業務休日と配送日とは意味が異なり、発送業務休日でも配送指定日では選択可能となります。。

上記の要因から次の様な症状が出ると考えられます。

症状
発送業務休日を設定しても配送指定日に選択できてしまう。