商品オプションを設定すると、購入数制限1の商品でも別商品としてカートに追加されますが、正しい動きでしょうか?

はい、正しい動きです。
同じ商品コードでもオプションの選択肢が異なれば別商品とみなされる仕様です。
これを同一商品と判別させるにはカスタマイズが必要ですので、WelCustomからご依頼ください。