お待たせしました。
1GBのzipファイルを使ってダウンロードテストを行ったところ、問題なくダウンロード完了しました。
サーバー：Welcartスティング・スタンダード
ブラウザ：Chrome、IE7
回線：ADSL、Bフレッツ
転送レート：1000
転送時間：ADSL約1時間、Bフレッツ約30分
phpのタイムアウトは、set_time_limit(0) を行っていますので、通常ならば制限無しになっているはずです。（セーフモードのサーバーは無理ですが）
まずは転送レートを落としてテストしてみるか、後はサーバー会社に何らかの制限が無いか確認してみてはどうでしょうか。
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