WordPress のバージョン:4.5.3
Welcart のバージョン:1.8.5
上記バージョンにて検証してみましたが正常に登録されました。
おそらく商品データの入力方法に問題があるのではないかとおもわれますが、
商品データ出力したものを、そのままアップロードしても消えてしまいますか?
(消えた場合を想定して数件のデータに絞って)
どうしてもご解決されたい場合はやはり商品データやサイトの状況を確認しないと難しいと思いますので、下記より不具合調査依頼(有償)される事をお薦めします。
https://www.welcart.com/wc_nav/solution-maintenance/