milechy様
どのように登録されているかがわからないため、推測ではありますが、Welcartプラグインを停止状態にしますと、商品マスターに登録されているものは投稿一覧に表示されます。
この投稿一覧にある状態で、最新ニュースに紐づくカテゴリーにチェックを入れているという事はないでしょうか？
その後、Welcartを有効化しても商品マスターのカテゴリー欄には反映されていないので表示上は商品カテゴリー以外にチェックが入っていないように見える（表示されていないが裏で最新ニュースと紐づけられている）という可能性はないでしょうか？
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