一括処理するデータが多すぎる

データが多すぎると、アップロードが完了しなかったり、更新中にタイムオーバーやメモリーオーバーになる事があります。サーバーの設定にもよりますので、途中で止まってしまっているようでしたら、アップするデータを分けて登録更新してみて下さい。
または、サーバーの php.ini の設定を変更して、処理実行時間制限（max_execution_time）を長くすることでタイムオーバーを回避することができます。

Welcart 1.9.14 より、商品一括登録・更新処理が改善していますので、古いバージョンを使用しているようでしたらアップグレーしてください。